天博赞成陈云的意见。他在十二届二中全会的讲话中，列举党内还存在着不少没有来得及清理和解决的严重问题，是党内的危险因素，腐败因素，是党内思想不纯、作风不纯、组织不纯的严重表现时，第一就列举了“三种人”。说：“其中最危险的是‘三种人’。这些人已经清查和处理了一批，有些在思想上和行动上已经有所改正。但是确有相当一批立场没有改变而在党内隐藏了下来。......总之，他们是一股有野心的政治势力，不可小看，如果不在整党中解决，就会留下祸根，成为定时炸弹。”
《中央关于整党的决定》中指出：“纯洁组织是这次整党的一个重要目的天博。‘三种人’反对党、危害党，如不彻底清理，就会成为党的严重隐患。清理‘三种人’，是纯洁组织的关键问题。”“确定是否‘三种人’，要既严肃又慎重。”为了防止走过场，在整党结束时，验收的标准是“坚持反对党、危害党的分子，特别是‘三种人’天博，是不是都得到了严肃的处理。”根据陈云的建议和意见，中央1984年又发出《关于清理“三种人”问题的补充通知》。
作为恢复重建后的中央纪委，陈云在领导中央纪委参加整党的同时还注意清理纪检干部队伍中的“三种人”。针对一些“文革”中的“三种人”和党性不强的人混迹于纪检队伍而一定程度上影响了纪检工作的顺利开展，1983年8月14日，他将中央信访局刊载群众来信反映一些地方纪检部门中仍有“三种人”的简报批转中央纪委第二书记黄克诚和常务书记王鹤寿：“纪检队伍中不能有‘三种人’，已有的要调开。”根据这一批示天博，中央纪委发出通知，要求各级纪检机关对所属单位的干部认真审查，把“三种人”和不适宜做纪检工作的人结合当前体制改革和整党调离纪检机关；今后选调干部，对“文革”中有严重问题的人一个也不能调入，一定要按照条件严格审查。经过这次清理，纪检队伍得以纯洁，从而保证了纪检机关的战斗力。陈云力主清理“三种人”，但又十分注意政策界限天博。他认识到“文革”期间犯有错误的中青年中属于“三种人”的只是少数，多数是跟着跑的。因此在十二大上指出：“对于跟着跑的人，只要他们真正认识了自己的错误，与‘三种人’坚决划清了界限，而且在粉碎‘’以后表现一直好，党就应该信任和使用他们，并在工作中对他们继续加以考察和帮助。”针对有的单位在整党中混淆“老”与“三种人”界限，他在1984年2月27日将中央国家机关两位干部反映此类问题的来信批示印发中央政治局、书记处及中央整党指导委员会、中组部：“这些不属于‘三种人’天博，其中好的还应当是第三梯队的选拔对象。清理‘三种人’是一场政治斗争，要防止有人把水搅混。”到1987年5月，历时3年半的全国整党工作基本结束。全国（不包括广西）清理出“三种人”5449名。在清理“三种人”过程中，相当一部分占据领导职务的人被清理了出来。就全国来说，截止到1986年6月底，被定为“三种人”和犯严重错误的人中，县处级以上的党员干部近3000人，其中不少是新提拔的。在纯洁组织方面取得了显著成绩，为新时期党的建设奠定了一个比较良好的基础。这是陈云作为伟大的无产阶级政治家深谋远虑和远见卓识的又一例证。
